英国の女流作家メアリー・スチュアートさんが1971年に出版した児童文学「The Little Broomstick」が原作。赤い館の村に引っ越してきた背が低く、クセ毛の赤毛にそばかすの平凡な11歳の少女メアリは、猫のティブとギブに導かれ、森で7年に1度しか咲かない不思議な花「夜間飛行」を見つける。その花はかつて魔女の国から盗み出された禁断の「魔女の花」だった。一夜限りの不思議な力を手に入れたメアリは、雲海の中にそびえ立つ魔法世界の最高学府「エンドア大学」への入学を許されるが、メアリがついた一つのうそが大切な人を巻き込んだ大きな事件を引き起こす……というストーリー。